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“猫头鹰的万花筒(..)”!
布拉德福德球菌没有细菌那种常见的光滑表面。相反,它看起来像个足球,由许多小平面镶嵌在一起。在这个几何形状拼成的外壳表面,还能看到一些细长的蛋白质像细毛一样伸展出来。
自然界中唯一已知有这种外壳和表面细毛结构的就是病毒。
但和当时所有的微生物学家一样,拉斯科拉也知道布拉德福德球菌的大小不对,它们看上去比病毒大100倍。
尽管如此,布拉德福德球菌确实是病毒。随着研究的深入,拉斯科拉和他的同事发现,这种新病毒会入侵变形虫,迫使变形虫帮它们复制出无数新个体。
只有病毒才是用这种方式繁殖的。旧名字显然是误导的,于是,拉斯科拉和他的同事给布拉德福德球菌取了一个新名字——拟菌病毒(mimivirus,“米米病毒”),用来表示这种病毒和细菌有很多相似性。
法国科学家率先着手分析拟菌病毒的基因。
罗博特姆也曾经尝试过在拟菌病毒的基因组里寻找和其他细菌基因相匹配的片段,但一无所获。
法国科学家的运气就好多了,他们在拟菌病毒中发现了很多的病毒基因。
在此之前,科学家已经习惯从每种病毒中只找到几个基因。但拟菌病毒足有1018个病毒基因,看起来就好像有人把流感、普通感冒、天花和其他一百种病毒的基因组都塞进了同一个蛋白质外壳里。
拟菌病毒的基因甚至比某些细菌的基因还多。
在体型和基因数量上,拟菌病毒都打破了病毒的基本规则。
2003年,拉斯科拉和他的同事们正式发表了关于神奇的拟菌病毒的各种研究细节。但他们仍然很好奇,这种病毒在自然界中是独一无二的吗?我们身边会不会也藏着其他巨型病毒?
他们从法国本地冷却塔里也取了一些水,在水里加入变形虫,想看看水里有没有什么东西能感染这些变形虫。
很快,变形虫就涨破了,释放出一些个头巨大的病毒,但它们并不是拟菌病毒,而是一种拥有1059个基因的新种,创造了病毒基因组数量的新纪录。
虽然新病毒从外表看起来很像拟菌病毒,但二者在基因层面相去甚远。科学家把新病毒和拟菌病毒的基因组进行比对,发现其中有833个基因能很好地匹配,另外226个是新病毒独有的。
科学家认为这么大的差异足以让新病毒单独划为一种,而且它也应该有个名字,就叫妈妈病毒(mamavirus)吧。
其他研究人员也加入了寻找巨型病毒的行列。不久,成果相继诞生,河流、海洋甚至南极冰层所掩盖的湖泊中,人们都发现了巨型病毒的身影。
2014年,法国研究人员解冻了冻结三万年之久的西伯利亚冻土,在其中也发现了巨型病毒——这些病毒足有1.5微米长,是目前发现的最大的巨型病毒。
科学家甚至在动物体内也发现了潜伏的巨型病毒。拉斯科拉与他的同事们和巴西科学家一起开展了一项合作研究,他们从许多哺乳动物身上取了血清样本,在其中的猴子和牛身上发现了巨型病毒抗体。研究人员甚至还从人体内分离出巨型病毒,他们的样本还有一份取自一名肺炎患者。
然而目前科学家还不清楚巨型病毒在我们的身体中究竟扮演什么角色,对我们的健康有什么影响。它们可能会直接感染人体细胞,也可能只是潜伏在我们身体内的变形虫里,对人不造成任何危害。
随着病毒分子生物学研究的聚焦,许多科学家倾向认为病毒只是类似生物的一种存在形式,而并不是一种真正的生命体。
科学家研究的所有病毒都只携带很少的几个基因。因此病毒和细菌之间还存在巨大的遗传鸿沟,足以把这两个类群清晰地区分开来。
然而,这么少的基因已经可以让病毒具有最基本的增殖能力,包括入侵细胞,把自己的基因插入细胞原本的“生化工厂”等等。
病毒缺失了作为一个完整生命所需要的另一些重要基因,比如,它们没有制造核糖体的指令(核糖体是依据RNA合成蛋白质的分子工厂),也没有分解食物的酶的编码基因——病毒缺乏的似乎恰恰是真正的生命体所需的遗传信息。
但理论上来说病毒完全可能获得这些遗传信息,成为真正的生命体,毕竟它们又不是一成不变的。随时随地发生的突变很可能意外复制已有基因,并在此基础上造出新的功能;一种病毒也可能从另一种病毒甚至从宿主细胞中获取新基因。
可以想象,有很多方式能让病毒的基因组丰富起来,直到能自主进食、生长,最后借助自己的力量分裂增殖。
这样的演化路径对病毒来说并非难事,但科学家却看到了挡在这条演化之路上的巨大绊脚石。
拥有庞大基因组的生物都需要一些机制来保证复制是精确控制的,随着基因组增大,积累危险突变的几率也随之增加。
人类细胞中有一类酶,专门对复制中的DNA进行纠错,这种纠错机制可以保护我们巨大的基因组能比较稳定地复制,其他生物,包括动物、植物、真菌、原生动物和细菌都是如此。
而病毒则没有专门修复DNA错误的酶。因此,它们在复制中产生错误的速度也比我们快得多,在某些情况下,甚至比我们快上千倍。
这么高的变异速度可能正成为了基因组大小的限制因素。基因组没法扩大,病毒也就没办法成为真正意义上的生命体了。因为假如基因组变大了,病毒就比人更可能产生致命突变。
因此,是自然选择成就了病毒的微型基因组。如果这种假说成立,在病毒有限的基因容量里,已经装不下那些负责从原材料合成新基因和蛋白质的基因了。
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